La laguna de Nidificación tiene una profundidad de tres metros, sensiblemente mayor que la del resto de lagunas. Aquí se han reproducido las condiciones idóneas para el anidamiento de especies de anátidas que buscan la protección del agua para poner sus nidos a salvo de depredadores.
Su nivel de agua se mantiene durante el invierno en régimen semilleno y en verano se ajusta su nivel al de las plataformas de nidificación dispuestas para tal fin a modo de islas, a salvo de depredadores terrestres. Se ha conseguido la nidificación principalmente de una de las especies emblemáticas del proyecto, la Cigüeñuela.
En esta laguna se han instalado plataformas de madera de un metro de altura, con zahorra y arena en la superficie.